Wiem już w czym problem.
Po obróbce i zapisaniu zdjęcia w XnView, trzeba go zamknąć. Wówczas okno wywołania zewnętrznego edytora się zamknie a zapisany w XnView obraz, pojawi się w oknie Gimpa.
Przy wywołaniu zewnętrznego edytora mamy dwie opcje:
"new from visible" zwraca obraz jako nową warstwę
"current layer" zwraca obraz w miejsce wysłanego do obróbki w edytorze zewnętrznym.